Preso na Prisão Provisória de Curitiba, Caboclinho dividiu a cela com outros oito detentos. Ao sair da cadeia, Caboclinho só deu uma entrevista à imprensa e justamente para a jornalista e blogueira Luciana Pombo, na época na Folha de Londrina. Disposto a romper o silêncio de mais de cinco anos, Joarez acusou o tenente-coronel Valdir Copetti Neves de ter sido o pivô da prisão dele no dia 30 de março de 2000. A prisão foi motivada pelas denúncias contidas num dossiê feito pelo Grupo Águia e que foi entregue por Neves para os deputados da Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI) do Narcotráfico.
O dossiê apontava uma série de homicídios que teriam sido encomendados por Caboclinho em Rio Branco do Sul, na Região Metropolitana de Curitiba. Ele também foi apontado como sendo um dos maiores empresários do ramo de desmanches no Paraná. Os desmanches, segundo as denúncias, receptavam carros furtados. Das denúncias contra Caboclinho, poucas foram comprovadas. Ele chegou a cumprir mais de quatro anos de prisão acusado de ter mandado matar o também empresário do ramo de desmanches, Adélio de Jesus Becker e por ter comprado e portado uma caneta-revólver de uso proibido no Brasil.
“As torturas que disseram que eu pratiquei e os assassinatos que estavam relatados naquele dossiê nunca foram comprovados. Eu fui absolvido porque nada daquilo aconteceu”, disse o empresário, que desistiu do ramo de desmanches e estava trabalhando com o setor madeireiro no interior do Paraná.

Uma das denúncias mais graves contra Caboclinho feitas durante a CPI envolvia um promotor e o então delegado de Rio Branco do Sul. Todos foram acusados de tortura de presos. Os presos confirmaram as torturas em depoimentos feitos para deputados federais e promotores. “As torturas nunca aconteceram. Eu nunca fui na delegacia. A verdade é que o Anibal (Khury) era meu amigo e eu pedia sempre para que ele indicasse um delegado da minha preferência para o município. Quando ele morreu, minha vida se tornou um inferno e começaram a me perseguir. O Neves foi até a delegacia e falou com os presos e convenceu todos eles a falarem contra mim. Fizeram uma armação. Tanto, que eles negaram tudo em juízo e eu fui absolvido”, desabafou. Caboblinho relatou que a briga dele com Neves teria começado por causa de tentativa de extorsão. Ele diz que Neves teria tentado tirar dinheiro dele para evitar denúncias contra as lojas de desmanche que ele mantinha em Curitiba e Londrina. “Eu não quis dar e ele disse que iria acabar comigo. Eu falei que se o problema dele eram os desmanches que provasse as denúncias e que me colocasse na cadeia. Os quatro anos de cadeia que peguei devo a ele (Neves)”, disse o empresário.
Caboclinho reconstruiu sua vida, mas não conseguiu se afastar de inimigos. “Se cometi algum crime, já devo ter pago. Tenho filhos pequenos. Quero esquecer tudo isso e viver em paz.” Caboclinho acusou ainda o grupo de Neves de tê-lo torturado por mais de três horas, com sessões de afogamento. As lesões teriam sido comprovadas com laudos do Instituto Médico Legal (IML). Mas o inquérito teria sido arquivado.